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红米手机设置短信加密可以通过以下几种方法实现。
方法一（手机自身功能）：
1、打开手机“设置”。
2、进入“应用锁”选项。
3、打开“应用锁”开关，并勾选需要加密的短信应用，之后，进入应用时会要求输入加密密码或指纹识别，这样，短信就被加密了。
方法二（下载隐私保护软件）：
1、可以在应用商店搜索并下载隐私保护软件。
2、打开隐私保护软件，选择需要加密的短信进行加密设置，之后，打开短信应用时需要输入密码才能查看加密的短信。
方法三（使用系统分身功能）：
对于MIUI系统，可以使用系统分身功能来实现短信加密，开启系统分身功能后，可以在分身系统中存储需要加密的短信，这样，在主系统中无法访问分身系统中的短信内容。
需要注意的是，以上方法都需要一定的操作和理解能力，如果遇到问题，建议咨询小米官方客服或专业人士的帮助，为了保证手机安全，建议定期更新系统和相关应用，并谨慎选择下载来源。